醫院污水特別是方艙醫院污水其污水水質性質和生活污水差不多，不同就是污水內可能菌群超標，需要在污水處理設備末尾的消毒工藝上適當延長污水消毒時間，醫院污水處理設備運行模式為全自動運行模式，可以去除污水當中的COD、BOD、氨氮、大腸桿菌等污染物。
為達到中出水水質要求，本污水處理工藝包含預處理（格柵、調節池）、二級處理（生化+MBR池）、消毒等環節。
加強處理效果的一級強化處理適用于處理出水進入二級處理城市污水處理廠的綜合醫院。二級處理工藝適用于傳染病醫院(包括帶傳染病房的綜合醫院)和排入自然水體的綜合醫院污水處理。
醫院污水處理設備工藝選擇原則：
1、傳染病醫院必須采用二級處理，并需進行預消毒處理。
2、處理出水排入自然水體的縣及縣以上醫院必須采用二級處理。
3、處理出水排入城市下水道(下游設有二級污水處理廠)的綜合醫院推薦采用二級處理，對采用一級處理工藝的必須加強處理效果。
4、對于經濟不發達地區的小型綜合醫院，條件不具備時可采用簡易生化處理作為過渡處理措施，之后逐步實現二級處理或加強處理效果的一級處理。
不同處理工藝的應用情況考慮到以上原則，本方案設計的醫院污水處理工藝流程進行比較，隨著污水處理技術不斷地發展，近年開發的在國內外普遍應用的工藝有：
1、加強處理效果的一級處理工藝 。2、二級處理工藝
